①合成探針的長短，一般在20~50個核苷酸之間。合成過長成本高，且易出現(xiàn)聚合酶合成錯誤，雜交時間長，合成太短則特異性下降。②堿基組成G-C應(yīng)含40%~60%，一種堿基連續(xù)重復(fù)不超過4個，以免非特異性雜交產(chǎn)生。③探針自身序列內(nèi)應(yīng)無互補區(qū)域，以免產(chǎn)生“發(fā)夾”結(jié)構(gòu)，影響雜交。總之，一個好的探針終要在實踐中才能加以確認。
探針是一小段單鏈DNA或者RNA片段（大約是20到500bp），用于檢測與其互補的核酸序列。雙鏈DNA加熱變性成為單鏈，隨后用放射性同位素（通常用磷-32）、熒光染料或者酶（如辣根過氧化物酶）標記成為探針。磷-32通常被摻入組成DNA的四種核苷酸之一的磷酸基團中，而熒光染料和酶與核酸序列以共價鍵相連。
當(dāng)將探針與樣品雜交時，探針和與其互補的核酸（DNA或RNA）序列通過氫鍵緊密相連，隨后，未被雜交的多余探針被洗去。后，根據(jù)探針的標記物種類，可進行放射自顯影、熒光發(fā)光、酶聯(lián)化學(xué)發(fā)光等方法來判斷樣品中是否，或者何位置含有被測序列（即與探針互補的序列）。
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