對任何DNA探針測定來說，雜交反應(yīng)包括四個基本要素：探針、靶物質(zhì)（樣品中的待測核酸）、檢驗方法（根據(jù)采用的標(biāo)記物或報告基因而定）和雜交模式。核酸分子雜交可分為液相雜交和固相雜交。
1．液相雜交
液相雜交是讓DNA探針和待測核酸在溶液中進行反應(yīng)。在溶液中，待測核酸和探針均自由運動，增加了兩者結(jié)合的機會，因此液相雜交要比固相雜交快5～10倍。但液相雜交不易分離雜交體和游離核酸探針，常規(guī)應(yīng)用不易。
2．固相雜交
固相雜交是先將待測核酸樣本結(jié)合到固相載體上，再與溶于溶液中的檢測雜交信號后分析雜交結(jié)果。
固相雜交的基本程序是：①準(zhǔn)備待測樣本；②制備和標(biāo)記探針；③固相載體的處理；④預(yù)雜交、雜交、漂洗；⑤雜交信號檢測；⑥結(jié)果判斷及分析。
常用的固相雜交方法有斑點雜交法、夾心雜交法和原位雜交法等。下面簡單介紹幾種常用的核酸分子固相雜交方法。
①斑點雜交法（dot blot hybridization）：常用的雜交模式．將樣品DNA直接點在硝酸纖維素膜或尼龍膜上，在嚴(yán)格的條件下雜交后進行檢測。斑點雜交法簡單、迅速，不需要限制性核酸內(nèi)切酶消化DNA，也不需要凝膠電泳和轉(zhuǎn)移，且在一張膜上可檢測多個樣品。該方法敏感性高，但對雜交條件控制不嚴(yán)可出現(xiàn)非特異性雜交。
②夾心雜交法（sandwich hybridization）：采用位于待測基因兩個相鄰但不重疊的DNA序列制作探針，先將**個不標(biāo)記的探針（A探針，捕捉探針）吸附于固相支持物（如膜、孔或管）上，捕捉待測樣本中與其互補的目標(biāo)序列，然后加入**個標(biāo)記的探針（B探針，檢測探針），與其互補序列結(jié)合后即可檢測雜交信號。夾心雜交法的優(yōu)點是特異性好，而且對核酸樣品的純度要求不高。
③原位雜交法（in situ hybridization）：用核酸探針與組織或者細(xì)胞中的核酸進行雜交并對其進行檢測的方法。先把待測組織或細(xì)胞固定到固相載體上，然后用適當(dāng)去污劑和蛋白酶、酸等物質(zhì)處理標(biāo)本，使標(biāo)記的核酸探針能進入細(xì)胞并與待測核酸形成雜交體，從而可直接檢測到組織或細(xì)胞內(nèi)的核酸序列。原位雜交法為細(xì)胞甚至亞細(xì)胞水平的核酸檢測提供了直接的方法。
